Was ist passiert:
Grund für die Zerstörung war der Streit zwischen Graf Friedrich von Isenberg und dem Kölner Erzbischof Engelbert von Köln um die Vogteirechte am Reichsstift Essen, der Haupteinnahmequelle des Isenbergers. Der Erzbischof kam bei dem Versuch seiner Gefangennahme am 07. November 1225 ums Leben, Graf Friedrich wurde ein Jahr später gefangen genommen und in Köln durch das Rad hingerichtet (siehe Skulptur: „Der Geräderte“ in der Oberburg). Die Isenburg wurde kampflos übergeben, noch im Winter 1225/26 zerstört und nicht wieder aufgebaut. Die Reste wurden im Laufe der Zeit von Erdreich überdeckt. Der „herrenlose“ Isenberger Besitz fiel an den Grafen von der Mark, der ihn mit Burgbauten an der Ruhr sicherte. Die neue Grafschaft Mark blieb bis zum Beginn des 19. Jahrhunderts bestehen.

Der Isenberg wurde 1855 an den Düsseldorfer Hofbaumeister Max Joseph Custodis verkauft, der hier sein Landhaus im neo-klassizistischen Stil errichtete. Sein Nachfolger gründete den Steinbruchbetrieb an der Südostseite, dem Teile der Burg zum Opfer fielen.
Von 1969 bis 1989 wurde die Burgruine von einer Schülerarbeitsgemeinschaft des Gymnasiums Waldstraße in Hattingen („Buddel-AG“) wieder freigelegt. Seit 1990 kümmert sich der Verein zur Erhaltung der Isenburg e.V. ehrenamtlich um den Bestand der Burganlage.